Costruito tra il 1493 e il 1497, il torrione presidiava l'omonima Porta situata allo sbocco orientale del lungo decumano dell'Addizione Erculea, corrispondente agli attuali corsi Porta Po-Biagio Rossetti-Porta Mare. I resti di cordolo a tortiglione a livello stradale testimoniano il rilevante interramento subito nel corso del tempo dalla struttura, originariamente priva di coperto: fu nel 1518 che il duca Alfonso I d'Este decise di coprire il torrione con un tetto conico innestato su un massiccio pilastro, mentre le merlature originarie furono tamponate nella prima meta dell'Ottocento (e ancora ben visibili nella parte superiore della superficie esterna).

Dalla documentazione del XVIII secolo si evince che tra la Porta e il Torrione omonimo c'era il corpo di guardia: da qui le sentinelle potevano accedere tramite una scala al piano superiore del Torrione e raggiungere così il cammino di ronda delle mura, oggi visibile dopo i restauri del 1990-1991, che conduceva verso nord presso la Punta della Montagnola (Scafuri 2000, p. 42).

Dopo l'occupazione francese del 1796, la Porta venne chiamata Porta Mare: “tale denominazione, come quella di Porta Po, Porta Reno e Porta Romana, fu imposta dal Governo Repubblicano Francese quando, auspice il General Bonaparte, la Francia sotto il pretesto della Libertà e dell'Eguaglianza, venne a sommovere tutte le nostre istituzioni civili e religiose” (Melchiorri 1918, p. 158). Da quel momento, tutto il complesso cominciò a subire modifiche funzionali: demolito nel 1827 l'antistante rivellino del vallo con funzione daziaria, il manufatto venne adibito nel 1848 a polveriera (ossia deposito per “munizioni da guerra”) e nel 1861 a “carcere dei cani”, anche se già nel 1864 è documentato il trasferimento del canile in altro luogo con la conseguente consegna alle truppe del Torrione, nuovamente destinato a polveriera.

Come evidenziato da Francesco Scafuri (2000, p. 45), «nella relazione sullo “Stato patrimoniale del Comune di Ferrara” del 1888 sono descritti il Torrione e la Porta Mare, dove in questo periodo si svolgevano le attività legate ai controlli daziari. A proposito del torrione circolare leggiamo:

Locale al piano terra

[...] ha il pavimento di tavole in cattivo stato, è coperto da volta in muratura ed ha i muri greggi, ha luce da due finestre munite di ferriate ed accesso da una porta munita di serranda doppia. Anticamente serviva per deposito di polveri piriche, ora è destinato a magazzeno. Oggi, oltre alla porta di ingresso al torrione, vi è un'unica apertura sul lato nord, ricavata nell'ambito dei lavori del “Progetto Mura” degli anni '80-'90 del secolo scorso sulla base delle tracce esistenti.

Locale al piano superiore

Vi si accede tramite una scala che parte dalla “ricevitoria” adiacente alla Porta Mare; detta scala ha i gradini in mattoni “ed una luce da una finestra munita di ferriata e ramata”. Il locale al piano superiore del torrione è un “vasto ambiente con pilastro in muratura ottagonale, sul mezzo che va sino al tetto. Attorno al muro perimetrale vi sono tanti pilastrini che servono a sostenere l'armatura del tetto, il quale è di coppi su tavole e legname di monte, in buono stato, evvi anche il parafulmine. I muri sono in parte intonacati: ha luce da due finestre munite di ferriata di tondino, e la porta d'accesso è munita di serranda doppia discreta”. I muri del torrione “sono di mattoni uniti con calce in buono stato di solidità di grande spessore, in parte privi di intonaco all'esterno».

Nel 1908 si procedette ad abbattere la Porta al fine di creare uno slargo per agevolare il traffico veicolare verso la periferia. I lavori, che prevedevano anche la costruzione di una nuova “ricevitoria” daziaria su progetto dell'ingegnere Giacomo Duprà (attuale Farmacia Comunale), si conclusero nel 1909. A seguito di questi ultimi avvenimenti il Torrione venne destinato definitivamente a magazzino e all'interno fu costruita una scala, in parte in muratura e in parte in legno, che collegava il piano terra con quello superiore: essa occupava la stessa posizione dell'attuale scala a chiocciola in ferro, recentemente costruita nell'ambito del “Progetto Mura” in sostituzione della precedente. Nel piano superiore del Torrione fino a qualche anno fa le pareti erano intonacate, mentre oggi, dopo gli ultimi restauri, i muri di questo ampio e suggestivo locale circolare, così come quelli al piano terra, sono tutti in mattoni a vista (Scafuri 2000, p. 45).

Dal febbraio 1999 il Torrione di San Giovanni ospita il Jazz Club Ferrara, la cui stagione concertistica riscuote ogni anno favorevoli consensi a livello nazionale.

Alla base dei terrapieni interni, in direzione nord, sono ancora visibili gli ingressi dei tunnel sotterranei costruiti durante la Seconda guerra mondiale. Su ordine del prefetto e d'intesa col Genio Civile, l'amministrazione comunale fece costruire tra il novembre 1942 e la primavera del '43 quasi 20 rifugi antiaerei all'interno della città e nel suburbio: tra questi figuravano i vani e le gallerie costruite (alcune in cemento e calcestruzzo) dagli ingegneri dell'Ufficio Tecnico Comunale Eligio Mari e Girolamo Savonuzzi all'interno delle cinta murata e dei terrapieni presso Porta Reno, Porta Romana, Porta Marte, Porta Catene e  nei bastioni del Montagnone, di San Lorenzo e in quelli dietro le vie Ghiara, Beatrice d'Este, Ripagrande e Piangipane. Dal 29 dicembre 1943 ai i primi mesi del 1945 furono registrate sul territorio ferrarese 276 incursioni delle forze aeree angloamericane, di cui 21 nel capoluogo. Nel complesso il centro urbano delimitato dalla cerchia delle mura, oltre la parte esterna sino alle stazioni ferroviarie, al canale Volano e ai sobborghi di S. Luca e S. Giorgio ebbe oltre il 40% di case distrutte o inabitabili: all'epoca della liberazione, 24 aprile 1945, mancavano 39659 vani su 89835 esistenti prima del conflitto. I danni causati dai bombardamenti al patrimonio monumentale e chiesastico furono ingenti, e anche le Mura subirono significative menomazioni con il crollo dell'antica Porta Catena, la semi-distruzione delle Barriere daziarie di Porta Po-Viale Cavour e di Porta Romana, assieme al limitrofo ponte di San Giorgio. Le casematte dei baluardi meridionali vennero abitati per alcuni anni da indigenti e sfollati, mentre non di rado si prelevarono furtivamente dalle mura stesse le pietre per riparare le case private, in attesa della rinascita di un ordine dalle ceneri del Fascismo.