Con l'incendio della Sala Grande nel 1660, emerge la necessità di trovare in tempi rapidissimi un nuovo teatro per non interrompere il programma di recite. A questo scopo viene individuata la ex cappella ducale fatta costruire da Ercole I d'Este (1431-1505) nel 1476 con il nome di Chiesa Nuova. Ormai inutilizzata, in meno di 10 giorni la struttura viene recuperata e, grazie alla determinazione di un gruppo di nobili appassionati guidati dal marchese Cornelio Bentivoglio (1668-1732), viene trasformata in un piccolo ed elegante edificio teatrale denominato Teatro in Cortile.

La sala che ospita il nuovo teatro ha caratteristiche molto diverse dalla Sala Grande. È di dimensioni notevolmente ridotte e non ha la duttilità che consentiva di ospitare rappresentazioni che richiedevano spazi molto ampi. Nonostante sia il risultato di una scelta dettata da motivi di urgenza, questo Teatro resta attivo per più di trent'anni, sino a quando, nel 1693, l’edificio viene nuovamente consacrato e riaperto al culto.

Nel tempo le destinazioni d’uso di questo spazio sono state assai varie. E oggi, con il nome di Sala Estense, l’antico Teatro in Cortile è il solo spazio teatrale realizzato a Ferrara nel corso del Seicento che sia ancora attivo.