Dopo la realizzazione del ghetto nel 1627 permangono, per la Chiesa, ancora troppi contatti tra cristiani ed ebrei. Viene emanato il 17 agosto 1629 dal cardinal Magalotti, vescovo di Ferrara, un Editto concernente gli Ebrei del ghetto di Ferrara. Tra le numerose restrizioni aggiunte si contano quella per i medici ebrei di non poter esercitare fuori dal ghetto e per i medici cristiani di curare ebrei; per i docenti ebrei di insegnare ai cristiani e per i cristiani di insegnare nel ghetto. Ma soprattutto, “a fin ché non possino gli Ebrei di Ferrara scusarsi, con dire al Tribunale Divino, che havendo fame non ebbero chi loro spezzasse il pane della verità Evangelica” (Chiappini 1981, p. 20), viene imposto che almeno un terzo degli ebrei residenti a Ferrara o di passaggio, dai dodici anni in su e di ambo i sessi, assistano a una funzione cristiana domenicale. Queste prediche forzose, che hanno lo scopo di convertirli, sono inizialmente tenute nella cappella ducale (nell’attuale piazza Municipale): per raggiungerla gli israeliti devono attraversare la piazza nelle ore di maggiore circolazione, esponendoli spesso ad insulti e scherzi pesanti da parte dei cristiani.

Nel 1695, dopo sessantasei anni, la Comunità ebraica ottiene che le prediche si svolgano nell’oratorio di San Crispino che chiude a est l’antica piazza delle Erbe (ora piazza Trento e Trieste) all’angolo con la strada dei Sabbioni (via Mazzini): gli ebrei vi possono accedere senza uscire dal ghetto tramite una porta comunicante con una casa all’interno di questo. Il ghetto viene così diviso in due quartieri, i cui residenti sono costretti ad alternarsi ai sermoni del sabato, per ottenere la massima adesione. L’origine del palazzo affonda le radici nella leggenda, che vuole la sua costruzione su un terreno donato all’antichissima Arte dei Callegari (calzolai) da Carlo Magno, come ringraziamento per il dono di un paio di “bozzacchini” da parte della Corporazione durante un suo supposto passaggio a Ferrara. Per questo è detto anche “oratorio dei calzolai”, attività in cui eccellevano gli artigiani ferraresi. Dopo un incendio la Corporazione decide di destinarlo a oratorio e di dedicarlo ai santi Crispino e Crispiniano, giovani calzolai martiri cristiani del III secolo. La facciata che vediamo oggi risale al 1841, edificata su progetto dell’ingegner Giovanni Tosi, con medaglioni marmorei di ferraresi celebri. L’aula sopra la loggia ha ospitato dal 1461 al 1567 la Facoltà di Lettere dello Studio ferrarese. Nell’epoca delle predicazioni coatte per gli israeliti, il loggiato viene chiuso con tavole di legno, in modo da evitare contatti tra cristiani ed ebrei all’interno.

Nel 1970 fu redatto un primo progetto di restauro dell’immobile, a firma degli architetti Bassi e Boschetti. I lavori, iniziati nel 1974, furono in più occasioni sospesi a seguito di continui ritrovamenti archeologici e di valore storico ed artistico, fra questi la messa in luce delle paraste inglobate nella muratura di fondo, dell’ex Loggia dei Callegari sulle quali erano scolpite le pianelle, simbolo della corporazione quattrocentesca (1489). Durante la prima fase dei lavori
furono inoltre rinvenute le colonne cinquecentesche, inglobate nella muratura eseguita durante i lavori legati all’intervento ottocentesco, nonché il soffitto ligneo del XVI secolo.

Solamente nel 1997, dopo la scomparsa dell’architetto Zappaterra, si crearono le condizioni per ultimare i lavori rimasti ormai sospesi da oltre vent’anni. L’architetto Paolo Arveda rielaborò pertanto le precedenti esperienze di Zappaterra, proponendo un nuovo progetto complessivo per i piani della Loggia, maggiormente adeguato alle sopraggiunte esigenze legate all’insediamento della libreria, oggi Ibs+Libraccio. I lavori di restauro e ristrutturazione della Loggia di San Crispino furono realizzati in poco più di sei mesi dall’architetto Arveda e degli spazi interni a cura dell’architetto Antonio Zanuso. Nei primi anni duemila furono poi eseguiti i lavori di restauro del soffitto settecentesco del Salone dell’ex Oratorio, e il collegamento fra i piani della Loggia e il Salone.

“Nel tempo che questa Chiesa, o vogliam dire Cappella Ducale, giacché anticamente veniva talmente appellata, non serviva ad uso di Chiesa, a più cose trovo, che prestasse ricovero, e la più comendabile mi sembra essere stata quella del predicarvi ivi li Dogmi della Fede Cristiana, a gli Ebrei, per convertirli, radunandosi colà dentro la maggior parte di quella Nazione a fine d’udire, chi pretendeva convincerli. […] questa Nazione ripugnava a colà portarsi, in una cert’ora determinata, con tutta la loro Fameglia, poiché venivano beffeggiati e derisi in quel punto dalla scioperata Plebe […] si svegliò nella mente del Card. Imperiali Delegato Apostolico […] di voler rinovare quest’uso con più comodo, e men rossore degli Ebrei: che però in quest’anno [1695] deputò che dovesse servire a quest’effetto l’Oratorio di S. Crispino, come contiguo al Ghetto, nel quale per certa porta, che vi fu a questo fine aperta, potevano portarsi senza essere da’ Cristiani veduti in modo alcuno gli Ebrei, dividendo perciò in tanti quartieri quel Popolo acciò una parte per Sabbato (ch’era il giorno deputato) potesse aver comodo d’udire i Dogmi Cristiani, che loro venivano spiegati dal P. Giovanni Carlo Benetti nostro ferrarese dell’Ordine degli Agostiniani scalzi […] dovendovi tutti gli Ebrei andare nel tempo assegnato, sotto pene pecuniarie da applicarsi alla Casa de’ Catecumeni”. (Baruffaldi 1974, pp. 454-455)