Adibita in origine a luogo di esposizione delle salme degli Este, viene fatta costruire da Ercole I d'Este (1431-1505) nel 1476 come Chiesa Nuova. È poi ampliata nel ’500 da Alfonso II d'Este (1533-1597) con tre altari e abbellita all’esterno da un frontone triangolare e da un portone ornato da due colonne. Con il trasferimento della sede del Ducato Estense a Modena l’edificio viene abbandonato sino a quando il marchese Cornelio Bentivoglio, all’inizio del 600, ne ottiene l’affitto e lo trasforma in sala teatrale con il nome di Teatro in Cortile. Con questa funzione il Teatro resta attivo per diversi decenni per perdere progressivamente di importanza con la realizzazione di teatri di dimensioni più ampie e più funzionali.

Nel corso dell’800, semi abbandonata, la sala è ridotta a magazzino. Viene restaurata negli anni ’20 del Novecento, nel quadro delle iniziative di Italo Balbo (1896-1940) volte al recupero dei beni architettonici e culturali della città. Con l’aggiunta di un palcoscenico, una platea e una galleria con colonne e decorazioni in tardo stile liberty, la sala viene utilizzata per spettacoli teatrali e per proiezioni cinematografiche.

La Sala Estense, situata in Piazza Municipale, è costituita da un piccolo palcoscenico, una platea e una galleria. Sulla facciata dell'edificio spicca il portale, risultato dell’assemblaggio di elementi architettonici di epoche diverse, ai cui lati sono collocate le statue dei patroni di Ferrara San Giorgio e San Maurelio, realizzate nel 1835 da Francesco Vidoni e in origine destinate alla Cattedrale.

Il palcoscenico è fornito di una dotazione tecnica essenziale, che consente la programmazione di concerti di musica classica e rock, e di spettacoli di prosa o danza con esigenze tecniche di base. Ogni anno la Sala Estense ospita la rassegna di teatro dialettale ferrarese organizzata dalla Straferrara, la più longeva compagnia di teatro dialettale ferrarese, fondata nel 1936 da Ultimo Spadoni. La Sala viene inoltre utilizzata per seminari, conferenze e assemblee.