La Palazzina Marfisa d’Este fu edificata intorno al 1559 per volontà del marchese Francesco, figlio di Alfonso I d’Este e di Lucrezia Borgia. Dimorando nel vicino e sontuoso Palazzo Schifanoia, egli progettò di costruire per sé una residenza estiva con giardini esclusivi e ambienti principeschi. A questo scopo, nel 1572 acquistò anche il palazzo quattrocentesco (oggi denominato Palazzo Bonacossi) confinante a sud con il boschetto dell’attuale Palazzina e vi fece erigere l’elegante Loggia del Cenacolo, affinché fosse in relazione prospettica con la loggetta della Palazzina medesima, e i due edifici costituissero idealmente un unico corpo architettonico (l’ubicazione e la rappresentazione territoriale dei Palazzi sono facilmente identificabili nella mappa del 1747 di Andrea Bolzoni, Pianta ed alzato della città di Ferrara).

Dopo la morte di Francesco nel 1578, questa nobile dimora, assieme a Palazzo Schifanoia, passò in eredità alla figlia maggiore Marfisa – peraltro ritratta in un medaglione ovale situato nella Loggetta dei Ritratti – amante delle arti e protettrice di Torquato Tasso. Marfisa abitò la Palazzina fino al 1608, anno della sua morte, che segnò l’inizio del progressivo degrado dell’edificio: affittato e utilizzato in modo improprio, fu acquisito dal Comune nel 1865. I lavori di recupero dell’immobile iniziarono nel 1906 e, dopo varie interruzioni, si conclusero con gli efficaci interventi di Nino Barbantini che si occupò del restauro interno e dell’allestimento; mentre Carlo Savonuzzi provvide al restauro architettonico e alla realizzazione di quattro campi da tennis nell’area del boschetto, poi concessi nel 1929 dal Comune alla società sportiva Tennis Club Marfisa. Il recupero dell’edificio fu completato grazie all’acquisizione, finanziata dalla Cassa di Risparmio di Ferrara, di mobili e dipinti che ricrearono le suggestive atmosfere di una dimora signorile del Rinascimento, offrendo un percorso espositivo idoneo ad una casa-museo. Inaugurata nel 1938, la Palazzina Marfisa d’Este è oggi una delle sedi museali che afferiscono ai Musei d’Arte Antica di Ferrara.

La Palazzina Marfisa d’Este è costituita da un unico piano e da una grande sala centrale dalla quale si irradiano le stanze laterali con soffitti decorati dalla bottega dei Filippi; sul fronte di Corso Giovecca troneggia l’antico accesso costituito da un monumentale portale marmoreo con gradinata; nel giardino si ammira la cosiddetta Grotta, con paesaggi dipinti alla sommità delle pareti e la grande Loggia degli aranci, utilizzata d’inverno come “cedrara”  e d’estate per ospitare spettacoli.