MuseoFerrara è dotato di un Centro di documentazione / Mediateca al cui interno si trovano la Biblioteca, la Fototeca e la Videoteca.

La Biblioteca è costruita a partire dalle bibliografie presenti negli apparati delle schede e ospita i libri digitalizzati su Ferrara e la sua storia.

La Fototeca raccoglie tutte le immagini inserite nel database.

La Videoteca rimanda al canale Youtube dedicato a MuseoFerrara e propone un primo video realizzato appositamente per il cantiere di ricerca sulla città ebraica.